Bayerns Verkehrsminister Martin Zeil zu den politischen Forderungen aus der Region, Entschädigungszahlungen an Kunden des Fugger-Express mit Steuermitteln zu finanzieren: „Forderungen dieser Art sind völlig absurd. (…) Richtig ist, dass die Deutsche Bahn und die Berliner S-Bahn GmbH als verantwortliche Verkehrsunternehmen ihre Kunden für entstandene Unannehmlichkeiten entschädigt haben. Ebenfalls haltlos und nicht belegt ist die Behauptung, eine fehlerhafte Ausschreibung sei mit ursächlich für die derzeitigen Probleme beim Fugger-Express.“

Die Verspätungen und Platzprobleme beim Fugger-Express seien bedauerlich. Zwar habe der Freistaat während der Hauptverkehrszeit morgens zwischen 5.30 Uhr bis 8.15 Uhr auf der Strecke Augsburg – München rund 700 Sitzplätze mehr bestellt als noch im Fahrplanjahr 2007/2008. Laut der vorliegenden Fahrgastzählungen sind somit mindestens 1 100 Sitzplätze mehr vorhanden als Reisende. Problematisch könne die Verteilung der Reisenden auf die einzelnen Triebwagen sein, da diese keinen durchgängigen Zugverband bilden. Insbesondere das Kuppeln der neuen Züge gestalte sich wegen Vereisung einzelner Komponenten problematisch. (PM STMWIVT)