Seit Bestehen des Qualitätsrankings der Bayerischen Eisenbahngesellschaft (BEG) konnte agilis den 1. Platz verteidigen. Im Qualitätsranking werden 17 Regionalverkehrsnetze bewertet. Mit dem Dieselnetz Oberfranken erreichte agilis nach 2012 auch in 2013 den Spitzenplatz der Jahreswertung unter den bayerischen Bahnen, vor der Berchtesgadener Landbahn und dem Kissinger Stern. Das zweite agilis-Netz mit Strecken entlang der Donau erhielt mit Platz 4 ebenfalls eine Topplatzierung.

agilis-Geschäftsführer Dietmar Knerr, der seit Gründung des Unternehmens 2009 für die betriebliche Führung verantwortlich ist, sieht die guten
Platzierungen im Engagement und Teamgeist der Mitarbeiter begründet. Dazu trägt ein regelmäßiges Feedback von Lokführern und Servicemitarbeitern bei, das in die  anderen Abteilungen kommuniziert wird. Gleichzeitig findet ein intensives ‚ Qualitätscontrolling‘ statt, mit dem die Anforderungen der BEG erfüllt werden.

Um die Qualität im bayerischen Regionalverkehr zu kontrollieren und Transparenz zu schaffen, führt die BEG regelmäßig verdeckte und offene Tests sowie Fahrgastbefragungen mit unabhängigen Interviewern in Zügen durch. Bewertet werden Kriterien wie Sauberkeit der Fahrzeuge, Fahrgastinformation, Funktionsfähigkeit der Ausstattung sowie Service und Kundenorientierung. Dabei können die Verkehrsunternehmen maximal +100 bis minimal -100 Punkte erreichen. Mit 86,51 Punkten steht agilis Nord mit 10 Punkten Abstand unangefochten an der Spitze des Rankings.

[Quelle: agilis Verkehrsgesellschaft mbH & Co. KG]