Frei Otto, einer der ersten Architekten von Stuttgart 21, warnt vor dem Bauprojekt und fordert einen Baustopp. 2009 ist Otto aus dem Projektteam wegen wachsender Sicherheitsbedenken ausgestiegen. Der Bahnhof könnte überschwemmen und „wie ein U-Boot aufsteigen“. Es liegt ein geologisches Gutachten von 2003 vor, welches belegt, dass der Stuttgarter Untergrund unberechenbar sei. Voller Wasser und Quellen, Gipsschichten mit hohem Anhydridanteil, also Mineralien, die aufquellen, Hohlräume, die unkontrollierbar Krater bilden können. Es könnten Krater entstehen, in denen ganze Häuser verschwinden können.
Bauarbeiten in diesem Grund seien enorm schwierig und es ließe sich nicht abschätzen, wie lange sie dauern und was sie tatsächlich kosten werden. Schon jetzt müssen Tunnel aufwändig repariert werden, weil der Druck aus der Tiefe zu groß ist.